故事叙述一个巧妙的契机，在泰瑞进入飞哥小佛家五周年纪念日当天，飞哥做了一个用大型鸭嘴兽羽毛球机器，而且两人就坐在里头，在阴错阳差之下撞上了背着两人驾着火箭车出任务的泰瑞，意外弹到了杜芬舒斯家中，飞哥与小佛因此结识了杜芬舒斯，并帮杜芬舒斯修好被他们撞烂的”超时空终结者”，刚好泰瑞在此时闯进杜芬舒斯家，因为不能被家中主人发现，所以只好变回毫无威胁性的鸭嘴兽。飞哥帮忙修好机器后，一行人进入了另一个时空。那个时空是一个被穿黑袍的独眼杜芬舒斯独裁统治的三州地区，莫来管队长则成了独眼杜芬舒斯底下的助理。独眼杜芬舒斯把自己那个时空的鸭嘴兽泰瑞给改造成了自己的邪恶部属，而此时泰瑞也在情急之下暴露了自己的身分，秘密特务的身分让飞哥很不谅解，他把泰瑞当成家人，而家人是不该有秘密的，独眼杜芬舒斯命令机械鸭嘴兽去攻击鸭嘴兽泰瑞，在经过一番缠斗之后暂时甩掉了他，但鸭嘴兽泰瑞却想独自去对付独眼杜芬舒斯却失败被俘，飞哥想回到自己的时空，但是时空终结者的遥控器却失灵了，于是他们去找属于那个时空的自己，却发现另一个自己却和本身判若两人，毫无想像力，而且不知道暑假是什么。于是他们又去找了那个时空的伊莎贝拉，发现伊莎贝拉是杜芬反抗军的一名军官，而飞哥的朋友们在那个时空也都成了反抗军的一员，凯蒂斯则是反抗军头领。另一方面独眼杜芬舒斯听了杜芬舒斯所叙述的另一个三州地区，于是想利用时空终结者到飞哥本来的时空进行大规模侵略，但是杜芬舒斯却忘了怎么启动，独眼杜芬舒斯只好利用手上的鸭嘴兽泰瑞当人质把飞哥他们全抓过来，杜芬舒斯在此时想起了如何改造，开启了时空之门，但独眼杜芬舒斯却因为杜芬舒斯过于懦弱，所以把他连同飞哥他们一起送去喂怪兽，此时那个时空的凯蒂斯救了他们，并用时空之门展开大逃亡。逃回了自己的时空，却发现独眼杜芬舒斯的机器大军也入侵了自己的家园，于是他们找到藏在家里的密道，找到鸭嘴兽泰瑞留下来的秘密武器，原来是飞哥他们在暑假做的所有发明，两个时空的人用飞哥的发明合力击退了独眼杜芬舒斯的机械军团，飞哥摧毁了机器人的主控制台，让机器人全部当机，而压嘴兽泰瑞也打败了机械泰瑞，消除它的邪恶思想。杜芬舒斯用独眼杜芬舒斯最心爱的玩具火车头把他引回属于他的时空，并被反抗军和莫来管所擒。因为泰瑞暴露了自己的身分，所以必须遣往别处，凯尔建议用杜芬舒斯的记忆终结者消除他们的记忆，飞哥因为这一连串经历过于精彩所以舍不得删除，但小佛提醒他美好的记忆可以自己创造，但泰瑞只有一只，所以选择删除记忆，一切又回复正常。(在记意删除前,伊莎贝拉亲了飞哥一下)

菲尼亚斯和小佛又开始了与佩里玩耍的夏日时光，并受到他的启发，创造了一个巨大的羽毛球来打鸭嘴兽（鸭嘴兽+弹射器）羽毛球。佩里进入了他的秘密巢穴，蒙格拉少校警告他，他曾与弗林-弗莱彻夫妇有过几次险些看到他进入巢穴的情况。他提醒佩里，如果他的身份被揭穿，他将不得不被转移到远离弗林-弗莱彻家族的地方，并透露佩里的帽子里有一个自动扫描复制设备，他用它来扫描和复制整个杜芬施米尔茨的“监督者”来确定杜芬施米尔茨是否变得更聪明。

佩里乘坐气垫船离开他的巢穴，但在飞行时不小心撞到了男孩们的羽毛球，导致他们偏离了航线。杜芬什米尔茨从他的“异次元启动器”开始了他的计划，旨在创建通往平行维度的门户，但它发生故障，菲尼亚斯和小佛后来撞上了它。与此同时，坎迪斯觉得自己不成熟，决定表现得更像一个成年人，并用这种心态来打败男孩们。然而，她发现男孩们的发明已经消失，并得出结论，她认为阻止男孩们被捕的“神秘力量”现在正在对她起作用，并试图找到它的来源。

菲尼亚斯和小佛并没有意识到杜芬施密茨是邪恶的，而是协助他修理机器并建造了一个遥控器，让他们可以使用传送门。佩里前来阻止杜芬施密茨，但在看到菲尼亚斯和小佛后，他又恢复到宠物模式，不想透露自己的身份。杜芬施密茨、菲尼亚斯、小佛和佩里前往平行维度，在那里，杜芬施密茨的另一个版本凭借一支机器人军队成功征服了三州地区，并自立为独裁者。杜芬什米尔茨遇到了他的对手杜芬什米尔茨-2，后者也将佩里-2 变成了鸭嘴兽（鸭嘴兽机器人），现在担任他的副手。

杜芬什米尔茨 2 号认识到佩里是一名秘密特工，并让普拉蒂堡攻击他们，迫使佩里透露他的秘密身份，这让男孩们大吃一惊。他们逃脱了，但菲尼亚斯对佩里的欺骗感到愤怒。Doofenshmirtz-2向Doofenshmirtz解释说，他因为小时候丢失了一辆玩具火车而被迫走向邪恶，这激怒了Doofenshmirtz，因为他仍然没有完成任何事情，尽管他自己的背景故事更加悲惨。男孩们试图使用遥控器返回家园，但失败了，促使他们寻找平行维度的自我，而杜芬施米尔茨 2 号计划使用杜芬施米尔茨重建的另一个异次元引发器入侵第一个三州地区并吞并它进入他的政权。

男孩们遇到了在 Doofenshmirtz-2 统治下受到压迫的同伴，并向他们介绍了夏天的概念。当 Doofenshmirtz-2 公开宣布，如果佩里自首，他将饶恕菲尼亚斯和小佛，佩里同意了这笔交易，但遭到愤怒的菲尼亚斯拒绝。Doofenshmirtz-2 得知男孩们对异次元发生器进行了一些修改，以帮助其发挥作用，导致他食言。菲尼亚斯、小佛和他们的同伴向候补伊莎贝拉寻求帮助，结果发现她以及候补巴尔吉特和布福德都是候补坎迪斯领导的地下抵抗组织的成员。

Baljeet-2 解释说，打开维度流动需要大量能量，但他能够打开一个高度不稳定的门户，向后进入第一维度。得知佩里被捕的消息后，菲尼亚斯和小佛决定在离开之前营救佩里。在第一维度，坎迪斯发现了传送门，并相信它是“神秘力量”，因此跳了进去，导致它崩溃。孩子们赶上了坎迪斯，并出发去营救佩里，但被杜芬什米尔茨 2 号和他的部队抓获。佩里在淋浴时通过 Monogram 视频通话分散了 Doofenshmirtz-2 的注意力，让男孩们通过隧道逃走了。普拉蒂堡攻击并损坏了其中一辆手推车，使其速度减慢。

由于不愿危及自己的兄弟，Candace-2 与 Phineas-2 和 Ferb-2 一起逃脱，但抛弃了 Phineas、Ferb、Candace 和 Perry，他们随后被 Doofenshmirtz-2 捕获。男孩们拒绝修理机器，但无意中提醒杜芬施米尔茨他们是如何通过移除自毁按钮来修理机器的。杜芬什米尔茨启动机器后，杜芬什米尔茨-2 命令将菲尼亚斯、小佛、坎迪斯和佩里喂给名为 Goozim 的怪物；当杜芬什米尔茨再次惹恼他时，杜芬什米尔茨 2 也下令处决他。在五个人被吃掉之前，坎迪斯 2 救了他们，并给了他们遥控器，让菲尼亚斯、小佛、坎迪斯、佩里和杜芬施密茨逃脱，但坎迪斯 2 自己被抓获。

Doofenshmirtz-2 带着一支机器人军队入侵第一维度。穿越多个维度后，菲尼亚斯、小佛、坎迪斯、佩里和杜芬施密茨回到了第一维度。佩里把衣领上的挂坠盒交给菲尼亚斯和小佛，这是通往佩里巢穴的钥匙。在里面，他们发现佩里扫描并复制了他们之前的所有发明。在丹维尔的孩子们和 OWCA 特工的帮助下，菲尼亚斯和小佛利用这些发明来对抗 Doofenshmirtz-2 的机器人入侵，而坎迪斯 2 则被菲尼亚斯 2、小佛 2 和杰里米从监狱中释放出来。 -2。菲尼亚斯和佩里爬到杜芬施里茨大楼的顶部阻止入侵，而佩里通过将普拉蒂堡的尖刺尾巴插入电源插座击败了他，电死了他。

菲尼亚斯设法摧毁了控制机器人的卫星，使杜芬舒米尔兹 2 号的整个军队瘫痪。坎迪斯在看到成年对自己的影响后，很早就放弃了成年，她竞相向父母展示这种入侵，以便利用“神秘力量”为自己谋利。杜芬什米尔茨 2 试图用一个巨型机器人摧毁佩里、菲尼亚斯和小佛，以挫败他的入侵，但杜芬什米尔茨到来并给了杜芬什米尔茨 2 自己的玩具火车，解决了对方的悲惨背景故事。Doofenshmirtz-2 停止了他的入侵，并用自毁按钮摧毁了他的机器人军队的残骸，正好赶上坎迪斯未能消灭她的兄弟，这让她很高兴。

Doofenshmirtz-2 回家后被捕，几名来自异次元的居民抵达原来的次元，在返回前向他们的同伴表示感谢。普拉蒂堡触电后恢复正常，飞哥 2 和 Ferb-2 把他带回家。坎迪斯建议她的对方在离开之前与 Jeremy-2 建立关系。孩子们得知佩里的身份被揭穿后将不得不搬迁，但卡尔建议使用杜芬施米尔茨的失忆器来抹去他们的记忆，这样他们就可以保留佩里。菲尼亚斯和小佛向佩里道别，伊莎贝拉在他们的记忆被抹去之前亲吻了菲尼亚斯。随后，佩里进入他的巢穴并上传当天发生的事件的照片。