在广袤安宁的原始森林中,快乐的蓝精灵们正在准备一年一度的蓝月亮节。而就在这欢喜忙碌的关头,他们的宿敌——邪恶的巫师格格巫(汉克·阿扎瑞亚 Hank Azaria 饰)和他的宠物阿兹猫闯入了蓝精灵的秘密领地。受到惊吓的蓝精灵四散而逃,其中可怜的笨笨(安东·尤金 Anton Yelchin 配音)则盲打误撞跑进了据说曾经死掉99个蓝精灵的瀑布进去。最终,笨笨连同营救他的蓝爸爸、蓝妹妹、聪聪等卷入了神秘的漩涡,来到了美国纽约的中央花园。在这个完全陌生的世界,他们得到化妆品业的帕特里克(尼尔·帕特里克•哈里斯 Neil Patrick Harris 配音)的帮助。为了返回大森林,蓝精灵们想尽各种办法。与此同时,格格巫和阿兹猫也来到纽约…… 本片根据比利时漫画家沛优(Peyo)及其夫人共同创作的漫画改编,早年曾被美国引进制作成TV版动画。
爸爸设法计算出他和其他人可以回家的时间,但需要计算出一个咒语。当蓝精灵与帕特里克和格蕾丝建立亲密关系时,爸爸决定搜索附近的一家书店以找到咒语。蓝精灵找到研究员佩约所著的《L'Histoire des Schtroumpfs》一书,包含将月亮变成蓝色的咒语。格格巫潜入书店,找到一根龙杖,将自己的魔法转移到其中,并用它捕获了爸爸。在用从爸爸 DNA 中提取的蓝精灵精华增强魔杖的力量后,格格巫面对着整个蓝精灵村庄,因为蓝月亮打开了通往他们世界的大门。当蓝精灵军队与格格巫作战时,蓝精灵击败了阿兹瑞尔并拯救了爸爸。格格巫被帕特里克击倒,帕特里克在此过程中掉落了龙杖。笨手笨脚地试图抓住它,令爸爸惊讶的是,他成功了,并把格格巫撞到了公交车道上。这把他带走了。蓝精灵们告别帕特里克和格蕾丝,返回蓝精灵村。后来,帕特里克和格蕾丝生了一个男婴,他们给他起名叫布鲁,